Настоящий стандарт устанавливает, что операционная система, на которой базируется файловая система, совместимая с FHS, должна обеспечивать те же базовые функции безопасности, что и большинство файловых систем UNIX.
Файлы различаются по двум основным признакам: возможности совместного использования и неизменности. Обычно файлы, которые отличаются по одному из этих критериев, должны располагаться в разных каталогах, что упрощает организацию хранения файлов с разными характеристиками в различных файловых системах.
Совместно используемые файлы можно хранить на одном сервере и использовать на других. Несовместно используемые файлы не предназначены для обмена. Например, файлы в пользовательских домашних директориях могут быть общими, а файлы блокировок устройств — нет.
Статические файлы включают двоичные файлы, библиотеки, документацию и другие файлы, которые изменяются только с разрешения системного администратора. Переменные файлы не относятся к статическим.
Совместно используемые файлы могут находиться на одном сервере и использоваться на нескольких других. Однако не все файлы в структуре файловой системы доступны для совместного использования, поэтому в каждой системе предусмотрено локальное хранилище, содержащее как минимум файлы, которые нельзя использовать совместно. Удобно, когда необходимые системе файлы с другого сервера можно получить, подключив один или несколько каталогов с этого сервера.
Статические и изменяемые файлы необходимо хранить раздельно, поскольку статические файлы могут находиться на носителях только для чтения и не требуют резервного копирования по тому же графику, как изменяемые файлы.
В предыдущих версиях файловых систем, таких как UNIX, статические и изменяемые файлы располагались как в каталоге /usr, так и в /etc. Для реализации упомянутых преимуществ была создана иерархия /var, и все изменяемые файлы были перемещены из /usr в /var. Теперь /usr можно монтировать только для чтения (при условии, что это отдельная файловая система). Изменяемые файлы из /etc постепенно перемещались в /var по мере развития технологий.